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PCR-Basiskurs

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Wann und Wo?

Datum: Di.: 19. März bis Do.: 21. März 2024.

Dauer: 3 Tage - Dienstag bis Donnerstag

Zeit: 9:00 Uhr bis 16:30 Uhr

Ort: Bremen


Lernziele

Am Ende des Kurse werden Sie in der Lage sein ihr eigenes PCR-Labor aufzubauen. Sie wissen, wie Sie eine PCR von den Literaturdaten bis hin zur Analyse der PCR-Produkte durchführen können und mit Kenntnisse im PCR-Design können Sie einfache PCR-Assays selbst entwickeln. Die Themen Optimierung und Trouble Shooting helfen Ihnen in schwierigen Situationen.

Zielgruppe

Haben Sie noch nie eine PCR gemacht, dann sind sie hier ebenso richtig, wie PCR-Anfänger, die ihre bisherigen Kenntnisse zu einem soliden Fundament zusammenführen möchten.

Gut zu wissen:

  • Wir arbeiten, je nach Teilnehmerzahl in Gruppen mit maximal 2 Personen und jede/jeder hat einen eigenen Pipettensatz, es gibt genug zu tun für jede TeilnehmerIn.
  • Wenn Sie jetzt aus der Beschreibung nicht alles verstehen, kein Problem, Sie sollen es ja im Kurs lernen
  • Grundsätzlich: es gibt keine schlechten Schüler nur schlechte Lehrer ;-)

Praxis zuerst, die Theorie soll nur erklären was wir tun


Praxisteil I

  • Degradierung von genomischer DNA: Demonstration der Bedeutung von Puffer und pH-Stabilität für die Lagerung von DNA.
  • Sequenz-Arbeit und Dokumentation: Ausgehend von der Sequenz des BakteriophageLambda, suchen wir den vorgegebenen Forward und Reverse- Primer bestimmen die Länge der Amplikone und Berechnen die Annealing-Temperatur für die PCR.
  • Pipettierpläne: Wir rechnen! Primer-Konzentrationen, verschiedene Mastermixe und natürlich die Volumina verschiedene Ansätze Pool-Mixe u. a. m..
  • Lambda-PCR zur Herstellung eines Größenstandards mit Gelelektrohorese: Aufbau einer Gelelektrophorese, Auswahl der Agarose, Färbung der DNA und Dokumentation.

Praxisteil II

  • DNA-Präparation aus Fischstäbchen und eigenem Mundschleimhautabstrich (freiwillig) mit verschiedenen Methoden. Sie sollen verschiedene Methoden kennenlernen mit Vor- und Nachteilen. Quantifizierung im Photometer.
  • Einzelmarker eines DNA-FingerprintPentaE/ STR-Marker oder VNTR: wir diskutieren die unterschiedlichen Ergebnisse bei unterschiedlichen DNA-Präparationen, lange Amplikone laufen schlechter als kurze, die PCR kann auch inhibiert sein, was tun (Trouble Shooting)?
  • Wir optimieren eine PCR mit einer Primer Magnesium-Konzentrations Reihe. Diskutieren verschiedene Temperatur-Zeit-Profile und Additive für eine Verbesserung einer PCR.

Praxisteil III

  • Welcher Fisch war das? Wir amplifizieren ein Stück DNA aus der mtDNA aus Fisch: Unterschied genomische DNA aus Zellkern und mitochrondriale DNA, Restriktionsspaltung und Gelelektrophorese.
  • Zu welcher 7-Töchter Evas gehöre ich? Wir amplifizieren ein Stück mtDNA aus menschlicher DNA, präparieren die DNA aus der Gelelektrophorese und bereiten Sie zum Sequenzieren vor. Die Sequenzierung wird extern durchgeführt.
  • Besprechung der Ergebnisse online in der Nachbereitung.

Theorieteil

  • Aufbau von DNA und RNA und ihre Bedeutung für Stabilität des Templates
  • Struktur von DNA/RNA: Manche Sequenzen sind sehr schwer zu amplifizieren woran liegts wie geht man damit um?
  • Nomenklatur: Was sind eigentlich die Basen RYW....? Wozu braucht man das?
  • Ich kann pipettieren oder tropft bei Ihnen auch immer das Chloroform aus der Spitze ? Ein kleiner Exkurs über richtiges Pipettieren ist immer hilfreich.
  • PCR-Geschichte verstehen was Mullis erfunden hat und Khorana nicht so richtig ausgearbeitet hatte.
  • Die Anwendungen sind fast schon grenzenlos gerne besprechen wir auch Ihre Anwendung.
  • Die Module Genaufbau und Genomaufbau zeigen Ihnen dass DNA nicht gleich DNA ist und unsere Einheit für die Template Menge ist nicht 1 [ng] sondern die Kopienanzahl.

Nachbesprechung

  • Zusätzlich biete ich eine gemeinsame Online-Fragestunde für Trouble-Shooting oder weitergehende Fragen an. Die Fragestunde wird mit GoTo-Meeting durchgeführt.

Lernplattform

Eine Lernplattform (Moodle, e-learning4science.com) hält für Sie

  • das Script als PDF,
  • Versuchsbeschreibungen und
  • Literatur-Links-Downloads bereit
Date & Time
Tuesday
March 19, 2024
Start - 9:00 AM
Thursday
March 21, 2024
End - 4:00 PM Europe/Berlin
Location

OMNI Life Science GmbH & Co KG

Karl-Ferdinand-Braun-Straße 2
28359 Bremen
Germany
+49 421 2761690
orders@ols-bio.de
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Organizer

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